En el context del desafiament independentista Di Rupo ha pres posició en diverses ocasions, creant fins i tot tensions amb el Govern per criticar la manera en què es va gestionar la crisi.
Elio di Rupo ha reafirmat la seva "total oposició a l'actitud" de Puigdemont després que l'eurodiputat, Ramon Tremosa, hagi pulibcado una foto a les seves xarxes socials.
