L'escassetat de dades genètiques sobre la Covid-19 podria alentir la troballa de la variant següent

Una infermera sosté una xeringa amb la vacuna contra el cóvid | @ep

L'aparició del SARS-CoV-2 va provocar un cisma mundial a causa de la poca preparació dels països per enfrontar-se a una pandèmia sobtada. Un cop el Coronavirus ja es va instaurar a la societat com una malaltia, es va aprendre que el virus muta i que per tant, s'adapta per sobreviure a força d'incrementar el seu contagi. El seu codi genètic va anar canviant d'una manera força lenta a mesura que es propaga d'una persona a una altra per tots els racons del món. La veritat és que durant l'aparició d'aquestes mutacions no semblaven significatives quant a la perillositat del virus. Fins i tot alguna debiliten el virus.

Tot i que algunes debilitaven el virus, algunes variants van ser classificades com a interès i altres de recuperació per la seva major capacitat de transmissió o per l'augment de casos que necessiten ingrés hospitalari o que, fins i tot, puguin reduir l'eficàcia de les vacunes i els tractaments .

Corba epidèmica de la pandèmia. Dades obtingudes a partir de dades individualitzades notificades a la RENAVE. És important ressaltar que tots els resultats són provisionals i cal interpretar-los amb precaució perquè s'ofereix la informació disponible en el moment de l'extracció de dades.

Per poder detectar els canvis, es van haver de crear plataformes internacionals que possibiliten compartir les dades genètiques que es descobreixen del coronavirus per detectar les noves variants que en un futur puguin sorgir. Tot i així, han aparegut opinions de diferents científics que han advertit que a les llacunes en les dades del genoma podrien obstaculitzar la recerca de la propera variant de COVID . La seqüenciació dels genomes del SARS-CoV-2 ha ajudat els investigadors a rastrejar com evoluciona el virus, però molts països no comparteixen totes les dades.

El que passa és que molts països que realitzen la seqüència dels genomes del SARS-CoV-2 comparteixen només una fracció en repositoris públics i moltes seqüències no tenen informació important, segons una anàlisi global de vigilància genòmica. Tot i així, l'estudi també va obtenir una altra conclusió. Els països han esdevingut més ràpids per compartir seqüències en el transcurs de la pandèmia. Compartir obertament dades de seqüenciació del genoma de mostres de SARS-CoV-2 ha permès als investigadors rastrejar com evoluciona el virus i ha esdevingut un segell distintiu de la pandèmia.

Però als investigadors els preocupa que les bretxes en les dades puguin dificultar la detecció de la propera variant preocupant de COVID-19 i podrien frustrar els esforços per respondre-hi ràpidament. En un estudi publicat   a Nature Genetics   aquesta setmana, investigadors van recopilar dades genòmiques carregades en repositoris públics, inclòs GISAID , entre el començament de la pandèmia i el 31 d'octubre del 2021, que comprenen aproximadament 4,9 milions de genomes de 169 països.

Van comparar aquestes seqüències amb informes oficials de països individuals i van trobar que de 62 països que informen aquestes dades, 23 (més d'un terç) havien pujat menys del 50% de les seqüències de les variants d'interès Alfa, Beta, Gamma i Delta . Al voltant d'una quarta part dels països havia pujat menys del 25% de les seqüències. "La falta d'intercanvi és un problema global. No és només una qüestió de país ric o pobre", va afirmar el coautor Andrew Azman, epidemiòleg de malalties infeccioses de la Universitat Johns Hopkins a Baltimore, Maryland.

Els autors suggereixen diverses raons per les quals alguns països podrien no compartir totes les seqüències en repositoris públics. "És possible que algunes de les mostres no hagin estat seqüenciades en primer lloc, perquè hi ha maneres d'identificar variants preocupants sense seqüenciar els genomes complets" diu Azman . “I depenent de la tecnologia de seqüenciació que hagin utilitzat els investigadors, algunes mostres probablement no tenien prou qualitat per carregar-les”, va explicar Cynthia Saloma, biòloga molecular de la Universitat de Filipines Diliman a Quezon City.

Però una part de les seqüències no compartides probablement es retinguin per raons polítiques, incloses les repercussions de ser el primer país a informar una nova variant de preocupació. “ La majoria dels països que comparteixen aquestes dades solen patir per això ”, va indicar Nnaemeka Ndodo, bioenginyer molecular del Centre de Control de Malalties de Nigèria a Abuja . Per exemple, quan investigadors a Sud- àfrica i Botswana van alertar el món sobre la variant Òmicron el novembre passat, una gran quantitat de països van respondre tancant les fronteres a la regió.

En alguns països, els governs han de revisar i aprovar les seqüències abans de carregar-les. Els governs de les nacions dependents del turisme “podrien demanar als seus laboratoris que no comparteixin les dades a causa de l'impacte que tindrà”, va dir Malavige . Però Azman afirma que l'intercanvi de dades només és una part de la història. Alguns països comparteixen una gran proporció de les mostres, però només han seqüenciat un grapat de genomes, diu.

Els investigadors van trobar que 87 països seqüenciaven mostres de forma rutinària, però 31 no ho feien, i l'equip no va poder trobar informació sobre les estratègies de vigilància genòmica per a 76 més.   A nivell mundial, no més del 4,5 % dels casos confirmats de COVID-19 se seqüenciaven cada setmana des del setembre del 2020 en endavant, amb grans discrepàncies entre regions, d'un total de 3,4 % de genomes seqüenciats a Europa durant el període d'estudi a 0,1% a la Mediterrània oriental . Alguns països, inclosos Noruega , el Regne Unit i el Canadà , han seqüenciat almenys el 10% dels seus casos acumulats.

Dades sobre dades

L'estudi també va avaluar la qualitat de les metadades carregades a GISAID per 169 països. Va trobar que el 63% de les seqüències no incloïen informació sobre l'edat i el sexe de la persona de qui es van prendre mostres, i més del 95% no tenia informació clínica com la gravetat dels símptomes i l'estat de vacunació de la persona infectada. Els països d'ingressos més alts tendien a proporcionar menys metadades que les regions més baixes.

Les metadades són especialment importants quan sorgeix una nova variant, per avaluar qui està en més risc, què tan bé funcionaran les vacunes i els medicaments existents i les condicions que podrien haver portat a la seva aparició, diuen els investigadors.

Tot i els desafiaments per compartir dades, l'estudi també va trobar que els països s'han tornat més ràpids per compartir seqüències durant la pandèmia. El 2020, els investigadors de la majoria dels països van trigar prop de tres mesos, de mitjana, a recopilar, seqüenciar i carregar dades genòmics en repositoris públics. Tot i això, això es va reduir a 20 dies quan va sorgir la variant Delta el 2021.